amek zbudowany został na początku XIV wieku w miejscu wcześniejszego drewnianego gródka. Stał on na wysokiej skalę zakończonej urwiskiem od strony wschodniej i północnej natomiast pozostałe zbocza opadają łagodnie. Dokument z 1334 roku mówi o "castrum novum" co potwierdza istnienie już w tym okresie zamku. Warownia należała w tym czasie do zakonu cystersów ze Szczyrzyca i strzegła tych ziem przed napadami rozbójników. W 1380 roku budowla została wydzierżawiona przez ówczesnego opata klasztoru szczyrzyckiego żydowi, który w zameczku stworzył mennicę i bił fałszywą monetę. Z rozkazu Ludwika Węgierskiego warownia została zdobyta i zniszczona.
   Ponieważ niedaleko przebiegała południowa granica państwa, oparta wprawdzie o łańcuchy górskie i potężne kompleksy leśne stanowiące naturalną zaporę trudną do przebycia lecz doliną rzeki Dunajec biegł szlak handlowy prowadzący na Węgry, więc zamek w Szaflarach został odbudowany i był jedną ze strażnic na tym szlaku.
   W 1467 roku zamek i okoliczne ziemie zostały wydzierżawione przez Piotra Komorowskiego od króla Kazimierza Jagiellończyka. Wzmocnił on obronność zamku stawiając od strony południowej kamienny wał a wejście prowadziło po drewnianym pomoście strzeżonym przez barbakan. Po śmierci Piotra w 1476 roku spadek objął jego syn Jan a ponieważ był jeszcze niepełnoletni majątkiem zarządzał stryjeczny brat jego ojca - Mikołaj Komorowski. Popadł on w konflikt z Kazimierzem Jagiellończykiem i porozumiewał się z Maciejem Korwinem, królem węgierskim, który planował napaść wraz z Krzyżakami na ziemie polskie. Zachodziła obawa, że będące w rękach Komorowskich zamki graniczne w Szaflarach, na Włodkowej i na Grojcu koło Żywca zostaną wydane Korwinowi. Dlatego też Kazimierz Jagiellończyk wydał rozkaz Jakubowi z Dębna zdobycia tychże warowni a zamki na Włodkowej i na Grojcu miały zostać zniszczone. Siedem tygodni potrzebował Jakub z Dębna na wykonanie królewskiego rozkazu. Zgoda króla na dalszą dzierżawę zamku w Szaflarach przez Komorowskich została cofnięta.
  W początku XV wieku znaczenie warowni znacznie spadło i zamek zaczął popadać w ruinę.  Jeszcze starosta Marek Rotułd próbował ratować budowlę lecz w XVI wieku była to już tylko ruina.
  Dotrwały resztki zamku do XIX wieku kiedy to Szaflary stały się własnością rodziny Uznańskich. W miejscu dawnej warowni postawili oni  z odzyskanych, średniowiecznych cegieł pawilon.
  W 1991 roku Antoni Uznański odbudował pawilon a także w miejscu wcześniejszego muru obronnego postawił nowy, kamienny mur na średniowiecznych fundamentach. Również biegnący do pawilonu drewniany pomost pokrywa się ze wcześniejszym wejściem do zamku a stojący obecnie dom mieszkalny zajmuje miejsce dawnego barbakanu.
  Obecnie teren jest w rękach prywatnych.