amek zaczęto budować w latach siedemdziesiątych XIII wieku. Stanął on nad rzeką Nogat na północ od miasta. Założenie zbudowano na planie czworoboku i  składało się z czterech skrzydeł mieszkalnych. Pierwsze powstało skrzydło północne (1275 - 1279), kolejne powstałe skrzydła to wschodnie i zachodnie (1280 - 1285) i ostatnie skrzydło zamykające czworobok to południowe powstałe w latach 1285 - 1300. Całe to założenie otaczał wysoki mur obronny. Powstały w ten sposób wewnętrzny dziedziniec ozdabiały krużganki. Budowlę tą nazywano Zamkiem Wysokim. Był on siedzibą konwentu a więc komtura i dwunastu braci zakonnych. Dla nich przeznaczone były pomieszczenia znajdujące się na dwóch piętrach takie jak wielki refektarz, sala obrad, jadalnia i sypialnie. W północno - wschodnim narożniku znajdowała się kaplica zamkowa. Zamek otaczały mury obronne wraz z wieżami a także fosa. Po północnej stronie zamku znajdowało się przedzamcze. bronione ono było przez mur obronny i dwie narożne baszty stojące od strony północnej. Pomiędzy tymi basztami znajdowała się brama wjazdowa.
  W 1309 roku wielki mistrz przeniósł się z Wenecji do Malborka. Aby oddzielić władzę wielkiego mistrza - ogólnokrajową od władzy lokalnej - komtura na miejscu przedzamcza postawiono budynki mieszkalne dla mistrza i jego otoczenia. Założenie to nosi nazwę Zamku Średniego natomiast kolejne przedzamcze powstało po stronie północnej z przeznaczeniem na cele gospodarcze i mieszkaniowe dla załogi. Stały tam budynki takie jak stajnie, kuchnie, piekarnie, browar, rzeźnie a także warsztaty rusznikarskie, kuźnie, ludwisarnia i wielki arsenał zwany Karawanem. Był tam także szpital dla załogi (tzw. infirmeria). Przedzamcze to nosi nazwę Zamku Niskiego. Cały ten kompleks otoczony został murami obronnymi i połączony z fortyfikacjami miasta.
  Z początkiem XIV wieku nastąpiła rozbudowa zamku. Na Zamku Wysokim zbudowano wysoką wieżę - dzwonnicę, rozbudowano kaplicę zamkową. Na Zamku Średnim po stronie zachodniej postawiono skrzydło mieszczące Wielki Refektarz mistrza a obok kuchnię (1318 - 1324). Równocześnie stawiano skrzydło północne mieszczące szpital, w latach 1320 - 1330 skrzydło wschodnie z pomieszczeniami dla gości. Dom Wielkiego Mistrza znajdował się przy wjeździe na Zamek Wysoki i był jakby zakończeniem Zamku Średniego.
  W 1382 roku rozpoczęto budowę nowego pałacu a zakończono go dopiero w 1404 roku.
  Wystrój wnętrz i wyposażenie dorównywały zewnętrznym wspaniałością zamku. Mieściły się w nim wodociągi, centralne ogrzewanie a także windy, które zachwycają i dzisiaj, zwiedzających ten kompleks.
  W 1457 roku zamek przeszedł pod polskie panowanie i wjechał do niego król Polski Kazimierz Jagiellończyk. Za główną siedzibę obrał sobie Dom Wielkiego Mistrza i od tej chwili aż do 1772 roku była to królewska rezydencja.
  Podczas drugiej wojny szwedzkiej (1626 - 1629) na zamku stacjonowali Szwedzi a po nich wojska elektora, księcia Jerzego Wilhelma. W 1635 roku zamek powrócił do Polski. Następna trzecia wojna szwedzka (1656 - 1660) przyczyniła się do znacznego zniszczenia zamku. Jeszcze piętnaście lat po zakończeniu wojny nie wszystko na zamku zostało odremontowane.
 Po pierwszym rozbiorze Polski (1772 rok) zamek trafił w ręce Prus. W następnym roku rozpoczęto jego przebudowę. Na Zamku Wysokim i Średnim urządzono koszary a w Wielkim Refektarzu urządzano musztry. Z początkiem XIX wieku Zamek Wysoki służył jako magazyn zbożowy a co za tym idzie przebudowano budynek stawiając między innymi płaski dach. Był także projekt rozbiórki zamku i z odzyskanego materiału wybudowania koszar dla wojska. Na szczęście król pruski Fryderyk Wilhelm III wstrzymał te prace.
  Podczas wojny w 1807 roku zamek zajęły tym razem wojska napoleońskie a na zamku urządzono magazyny i szpital.
  Od 1817 roku przystąpiono do odbudowy zamku. Trwało do bardzo długo ale w końcu udało się odremontować budowlę. W latach 1882 - 1907 odbudowano Zamek Wysoki a po nim Zamek Średni. Odbudowa Zamku Niskiego i fortyfikacji przerwała druga wojna światowa. Znaczne zniszczenia jakie przyniosła ona zamkowi zostały w późniejszym czasie naprawione.